CDU/CSU haben der Bundesregierung Tatenlosigkeit in Zusammenhang mit der Regelung der Ökopunkte im Alpentransit vorgeworfen. Viele süddeutsche Transportunternehmer würden durch den Vorschlag der EU-Kommission ihre traditionellen Märkte in Italien und Südeuropa verlieren, befürchtet der Verkehrsexperte Georg Brunnhuber. Ausgerechnet jene Unternehmen, die durch erhebliche Investitionen in einen umweltfreundlichen Fuhrpark die Verminderung der Ökopunkte-Kontingente möglich gemacht hätten, seien von den Kürzungen betroffen. Die Regierung müsse deshalb die Interessen der deutschen Transportunternehmer im Sinne des EU-Transportvertrages wahren, forderte Brunnhuber.
Auch Bundesverkehrsminister Reinhard Klimmt hatte sich nach der Ministerratstagung in Luxemburg enttäuscht gezeigt, dass ein Kompromiss gescheitert war. "Wir werden uns nicht beklagen", machte der SPD-Politiker aber deutlich. Der Naturschutzbund Nabu kritisierte, der Regierung fehle es an einem Konzept, den europaweiten Transitverkehr zu verringern. Die EU-Kommission kann nun binnen drei Monaten ihren Vorschlag umsetzen, der eine Verringerung der Ökopunkte um 2,1 Millionen in den kommenden drei Jahren vorsieht. Für Deutschland bedeutet das konkret, dass in den letzten sechs Monaten des Jahres rund 30 000 Laster weniger über den Brenner rollen dürfen, als ursprünglich vorgesehen. Die Ökopunkte dienen sowohl zur Minderung des Verkehrsaufkommens als auch des Schadstoffausstosses in der Alpenregion.